- アオウオ属 (2)
- アブラボテ属 (63)
- アブラミス属 (0)
- アルブルヌス属 (1)
- ウグイ属 (188)
- オプサリディウム属 (5)
- カトゥラ属 (0)
- カトゥロカルピオ属 (1)
- カマツカ属 (55)
- カワバタモロコ属 (3)
- カワムツ属 (121)
- ガラ属 (1)
- キルリヌス属 (1)
- クセノキプリス属 (0)
- コイ属 (100)
- コクレン属 (1)
- コレオレウシスカス属 (0)
- ゴビオ属 (0)
- スカルディニウス属 (0)
- スクアリウス属 (0)
- スゴモロコ属 (42)
- スピニバルブス属 (0)
- セモティルス属 (1)
- ゼゼラ属 (2)
- ソウギョ属 (14)
- タナゴ属 (74)
- タモロコ属 (59)
- ダニオ属 (0)
- チャノディクティス属 (1)
- ツチフキ属 (0)
- ティンカ属 (0)
- トール属 (1)
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- ノコミス属 (1)
- ノテミゴーナス属 (2)
- ハクレン属 (14)
- ハス属 (161)
- ハンパラ属 (1)
- バラタナゴ属 (54)
- バランティオケイロス属 (0)
- バルブス属 (1)
- バルボリニュムス属 (1)
- ヒガイ属 (10)
- ヒナモロコ属 (0)
- ヒメハヤ属 (106)
- フナ属 (134)
- プンティウス属 (0)
- ヘミクルター属 (8)
- ムギツク属 (10)
- メガロブラマ属 (3)
- モツゴ属 (80)
- ラベオ属 (1)
- ルキシルス属 (1)
- ルティルス属 (0)
- レウシスカス属 (1)
- ワタカ属 (8)
- 属間交雑(コイ科) (3)
- 未同定属(コイ科) (2)